2009 yılında doçent, 2015'de profesör derecesini almış olup halen Marmara Üniversitesi İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler Bölümü'nde akademik faaliyetlerine devam etmektedir. New York Üniversitesi Yakın Doğu Çalışmaları Merkezi (1999-2000), Hollanda'daki Modern Dünya'da İslam Çalışmaları Uluslararası Enstitüsü'nde (ISIM) 2005-2006 sonbahar döneminde ve ABD'deki Northwestern Üniversitesi, Buffett Uluslararası ve Karşılaştırmalı Araştırmalar Merkezi'nde 2011-2012 bahar döneminde misafir öğretim üyesi olarak bulunmuştur. Prof. Yüksel'in yayınlanmış kitapları; Anti-Komünizmden Küreselleşme Karşıtlığına: Milliyetçi Muhafazakâr Entelijansiya; AKP Devri: Türkiye Siyaseti, İslâmcılık ve Arap Baharı; 1960’tan Günümüze Türkiye Tarihi'dir.